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三代试管出生的小孩出现畸形的概率相对较低，三代试管婴儿可以通过对胚胎的筛选，筛选出染色体基因健康的胚胎，然后进行移植，这样就可以避免遗传因素造成的婴儿畸形。但孩子是否畸形还受多种因素影响，试管成功受孕后受母体因素、环境因素等影响也可能会导致孩子畸形，因此，三代试管成功受孕后也要多加注意，避免孩子出现畸形的可能。
三代试管因其技术优势可以对胚胎进行基因筛查，避免了孩子因为遗传因素导致的畸形缺陷，但三代试管孩子是否畸形还受成功受孕后的环境因素影响，主要包括以下几个方面：
1、环境污染、噪音污染
妊娠期间孕妇过多地接触有毒有害物质，化学剂某些药物可导致胎儿畸形，尤其是在早孕期使用时。另外重金属(汞、铅等)增加胎儿畸形的风险。城市汽车尾气、噪音等也是引起胎儿畸形的罪魁祸首之一。
2、疾病及病毒感染
孕期母亲感染某些微生物可导致胎儿感染并导致胎儿畸形，如风疹、巨细胞、单纯疱疹、弓形虫、梅毒等。孕妇患有甲状腺功能低下或亢进等疾病时胎儿有流产、畸形的可能。糖尿病孕妇早孕期血糖控制差，可增加胎儿畸形的风险，主要是先天性心脏病、神经管畸形、唇腭裂等。
3、滥用药物
药物对胎儿的致畸作用敏感时期是怀孕3个月之内。在这段时间里，如果在器官细胞合成分化过程中受到药物干扰，就会造成胎儿器官畸形。一个时期内用一种药物可引起多个器官畸形，也可能多种药物共同导致一种畸形。
4、营养缺乏
孕妇营养不良、偏食、挑食、厌食造成的营养不良，可导致各种维生素或者微量元素的缺乏，也可导致神经管畸形等多种畸形的发生。胎儿生长发育所需营养均来自孕妇，因此孕期一定要保证营养充足。建议育龄女性至少在孕前3个月服用叶酸，至妊娠3个月防范未然。
5、情绪影响
胎儿的某些先天性生理缺陷，就可能与孕妇妊娠期间的不良情绪有关。孕妇生气或是情绪紧张时，肾上腺皮质激素释放增加，并通过胎盘影响胎儿发育，可造成胎儿唇裂或腭裂等畸形。
6、放射线的影响
放射线早孕期胎儿吸收的放射线剂量超过5rad时，胎儿畸形的风险会明显增加。
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